A identificação e demarcação de novas terras indígenas demora, segundo o servidor da Funai Manoel Prado, também por falta de estrutura do órgão. Em greve há mais de 30 dias, os servidores da Funai reivindicam melhores condições de trabalho e reajuste salarial junto com o Movimento Unificado dos Servidores Federais. Na pauta específica, os trabalhadores tentam negociar junto ao Ministério do Planejamento e da Justiça, ao qual está submetida a Funai, a criação de um plano de carreira indigenista.  "Atualmente estamos em condições de trabalho bastante precarizadas por falta de orçamento. Por exemplo, na sede da Funai, estamos num prédio infestado por baratas e condenado pela defesa civil, com prazo de evacuação já expirando neste mês. Existem coordenações técnicas locais que não possuem sequer sedes físicas, faltam computadores e equipamentos de trabalho básicos para os servidores. Então, além da pressão política sobre o nosso trabalho, outro problema é a falta de estrutura. Isso prejudica a nossa misão institucional, muitos serviodres querem cumprir o seu papel, que é defender e assegurar os direitos do povos indígenas, mas se vêem prejudicados pela falta de estrutura e recursos orçamentários", lamenta Manoel.

Segundo o comando de greve, a falta de uma carreira indigenista e as péssimas condições estruturais do órgão implicam em abandono do trabalho pelos servidores. "Há uma defasagem no quadro da Funai. Uma das nossas pautas é a realização de um novo concurso público. Em 2009, a Funai passou por uma reestruração que previu a criação de 3 mil e 100 vagas. Parte dessas vagas, cerca de 600, já foram preenchidas no ultimo concurso, só que a gente percebe, por conta das precárias condições de trabalho e da baixa remuneração, uma enorme evasão de servidores", observa o servidor.

No dia 26 de julho, os servidores em greve realizaram uma manifestação contra a Portaria 303 da Advocacia Geral da União, com a participação de cerca de 300 pessoas, segundo o comando de greve da Funai. Participaram também o Conselho Indigenista Missionário (Cimi) e a Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (APIB).