Em maio de 1989, em ato da presidência, o Poli passou a ser considerado uma unidade técnico-científica da Fundação Oswaldo Cruz, com o objetivo de atuar no ensino de 1º e 2º grau, além de desenvolver atividades de pesquisa e extensão na área da saúde. Por ser unidade técnico-científica, foi desvinculado da Vice-presidência de Ensino da Fiocruz.