O PlanejaSUS foi regulamentado pela portaria nº p;3.085/06, que prevê a atuação contínua e integrada do planejamento da União, municípios e estados. Entre os objetivos do Sistema estão a pactuação das diretrizes gerais para o processo de planejamento, o desenvolvimento de uma rede de cooperação entre as três esferas de governo, a capacitação contínua dos profissionais que atuem no planejamento do SUS e a avaliação do planejamento, das ações implementadas e dos resultados alcançados.