Parte dos recursos do Sistema S vem de uma contribuição compulsória de 2,5% sobre a folha de pagamento das empresas brasileiras. Esses recursos são recolhidos junto com os tributos do Instituto Nacional do Seguro Social (INSS), passam pelo Ministério da Previdência e vão para as Confederações Nacionais, como a da Indústria e a do Comércio, que os repassam às onze entidades que formam o Sistema. Como essa contribuição é embutida pelas empresas no preço de seus produtos, ela é repassada ao consumidor. Por isso, pode ser considerada um recurso público.